1.http://www.bioinfo.wsu.edu/
作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库
2.https://www.agbiodata.org/
农业生物数据库和相关资源综合平台
3.https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
植物比较基因组学资源库
4.http://www.plantontology.org
集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台
5.http://harvest.ucr.edu/
作物EST序列及相关分子信息数据平台
6.http://www.gramene.org/
Gramene：用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台
7.https://www.uniprot.org/
蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台
8.http://urgi.versailles.inra.fr/
URGI：针对有农学意义的植物研究生物信息平台
9.http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#
agriGO：GO分析工具包和数据库综合平台
10.http://www.bioinformatics.nl/AraQTL
基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库
11.http://www.plantgdb.org/
植物基因组序列数据库
12.https://mpss.danforthcenter.org/index.php
二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源
13.http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp
植物基因组数据库
14.http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
植物snoRNA基因数据库
15.http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库
16.http://metacrop.ipk-gatersleben.de
作物代谢途径数据库
17.http://podb.nibb.ac.jp/Organellome
植物器官研究数据库
18.http://www.drastic.org.uk
植物细胞的信号转导分析数据库
19.http://www.pathoplant.de
植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库
20.http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
植物转录因子数据库
21.http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/
植物转录因子数据库
22.https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1
作物EST数据库
23.https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace
植物顺式调控DNA元件数据库
24.https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/
植物线粒体蛋白运输元件数据库
25.http://www.mirbase.org/
生物microRNA数据库
26.https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm
FAT-PTM：用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库
27.http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/
谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库
28.http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx
拟南芥和玉米蛋白质组数据库
29.http://atted.jp/
ATTED-II ：基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库
30.http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/
植物Circular RNAs数据库
31.http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi
植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息
32.https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php
植物性状全球数据库
33.http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/
植物基因和基因组重复的数据库
34.http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
植物microRNA数据库
35.http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl
植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站
36.http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD
植物非编码RNA数据库
37.http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB
植物长非编码RNA数据库
38.http://prgdb.org/prgdb/
植物抗病R基因数据库
39.https://www.inetbio.org/aranet/
拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库
40.http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page
基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库
41.http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi
植物启动子数据库
